Для достижения ваших целей, включая загрузку, вы хотите сделать две вещи. Одним из них является копирование первых двух разделов. Другая вещь, которую вы хотите сделать, это скопировать процесс загрузки. В традиционном формате MBR, который вы можете использовать, процесс загрузки содержится в первых 512 байтах диска, который называется MBR. Это не является частью любого из этих разделов. (Другая часть процесса загрузки содержится в разделах, которые копируются.)
Если вы используете GPT, то применимы те же понятия, хотя последовательность загрузки будет включать в себя не только первые 512 байт диска. Некоторые инструменты работают лучше с GPT, чем другие.
Возможно, вам будет проще всего сделать полную копию изображения. Конечно, копия потерпит неудачу, так как у вас не хватит места, но это может привести к повреждению частичной копии третьего раздела, которую вы затем сможете удалить.
Обратите внимание, что вместо того, чтобы пытаться скопировать существующую последовательность загрузки, вам может быть проще просто воссоздать ее. Начните с того, что сфокусируйтесь на копировании разделов и убедитесь, что они правильно записаны на диск. Затем снова включите загрузку (повторно включив загрузочный код ... на MBR-дисках, это часто описывалось как переустановка MBR). В Windows 7 BCDEdit может быть полезен для этого.