Если у вас установлен пакет atom-beautify , вы можете включить / отключить автоматическое форматирование при сохранении для каждого поддерживаемого языка отдельно: 
Preferences → Packages → atom-beautify beautify → прокрутить вниз до параметра « Language Config - LangXYZ - Beautify On Save (с настроенным языком LangXYZ).
Если у вас не установлены дополнительные пакеты, это может быть пакет пробелов , который поставляется с Atom и включен по умолчанию: Preferences → Packages → whitespace
Вы можете либо нажать « Disable и покончить с этим (я сделал :-)), либо вы можете отключить пакет выборочно с помощью записей в файле config.cson , как описано на самой странице пакета.