Нашел эту информацию:
«Он работает только в папке" Входящие "». По умолчанию новое оповещение "Новый рабочий стол почты" будет отображаться только при доставке почты в "Входящие" (как указано в разделе "Инструменты" -> "Параметры" -> "Кнопка" "Параметры электронной почты" -> "Кнопка"). Расширенные настройки электронной почты). Это означает, что если у вас настроено правило для перемещения вашей почты в другую папку, уведомление не будет отображаться.
Чтобы обойти это, вы можете добавить действие "Отображать оповещение рабочего стола" к каждому правилу. Помимо того, что это очень утомительно, реальным недостатком этого является то, что когда вы находитесь в организации Exchange, правило станет локальным правилом, так что оно будет выполняться только во время работы Outlook. Это означает, что когда вы добавили в правило дополнительные действия, такие как переадресация на другой адрес, это действие также не будет выполнено.
Лучшее решение - создать универсальное правило без каких-либо условий и просто действие для отображения оповещения рабочего стола.
1.Tools-> Wizards and Alerts… (press OK if you get an HTTP warning)
2.Button New Rule…
3.Select "Start from a blank rule" and verify that "Check messages when they arrive" is selected
4.Press Next to go to the Conditions screen
5.Verify that no condition is selected and press Next
6.A warning will pop-up stating that this rule will apply to all messages. Press "Yes" to indicate that that is correct
7.Select the action "display a Desktop Alert"
8.Press Finish to complete the rule
9.If needed move the "display a Desktop Alert" rule all the way to the top
Здесь: http://www.howto-outlook.com/howto/mailalert2003.htm#always_alert
Похоже, что вы сталкиваетесь.