Вы, вероятно, хотите обратиться к каналам поддержки этих справочных менеджеров для этого, но по основам, и в частности
Как это (XML, CSL?) файл прикрепить себя к файлу .doc?
И Zotero, и Mendeley хранят информацию о цитировании в "полях" Word (то же самое, что, например, используется для автоматического обновления дат, номеров страниц или перекрестных ссылок). То, что они хранят, это на самом деле не XML/CSL (это только часть реального программного обеспечения), а информация о цитировании - какой элемент вы цитируете, любые номера страниц, префикс, суффикс, обычно это библиографическая информация и т.д. - в Формат JSON (потому что инструмент, который на самом деле форматирует цитаты в javascript). К сожалению, это означает, что это исключительно трудно исправить вручную.
Для чего это стоит, вы можете сделать поля Word видимыми, нажав alt+F9
и посмотреть, есть ли что-то явно не так.
В более общем плане, совет Zotero по отладке испорченных документов применим и к Mendeley.