Хорошо, совет @ Zoredache был тем, кто помог больше всего здесь:
когда вы выпускаете
ssh domain.com sudo -u user bash -c "cd /home/user/ && ls"
с исходного хоста, на хосте назначения это на самом деле выполняется
sudo -u user bash -c cd /home/user/ && ls
что переводится на
sudo -u user bash -c cd /root
поскольку cd без аргумента изменяется в домашний каталог, и в этом случае это не домашний каталог пользователя sudo, а домашний каталог пользователя, который выдает sudo (то есть root)
решение состоит в том, чтобы избежать каждого специального символа, подобного этому
sudo -u user bash -c \"cd /home/ \&\& ls\"
но я уверен, что есть более простой способ или нет?