Комментарий @ CodesinChaos правильный:
TrueCrypt поддерживает только шифрование на месте для системного раздела / диска (не спрашивайте меня, почему).
Поэтому, если в вашей системе установлена Windows и вы хотите зашифровать диск C:, который будет включать вашу операционную систему, установленные программы и данные, сохраненные в C:\Users, вы можете сделать это без потери данных или программ.
Если у вас есть внешний диск, второй внутренний жесткий диск или отдельный раздел на том же физическом диске, на котором находится ваш диск C:, и вы хотите зашифровать его, сначала необходимо скопировать данные, настроить их с помощью Truecrypt, затем скопируйте данные обратно после их монтирования с Truecrypt.
Truecrypt не выполняет шифрование системного раздела в Linux, поэтому вы находитесь в той же ситуации, что и второй абзац выше.
В Linux некоторое время было собственное встроенное полное шифрование диска (dm-crypt/LUKS), так что тот факт, что вы не можете выполнять полное шифрование диска или системного диска Truecrypt под Linux, не имеет большого значения. Debian и Ubuntu могут установить полное шифрование диска во время установки. Я не знаю каких-либо инструментов «шифрования на месте» для Linux (там могут быть некоторые).