Мы только что перешли на Lync 2013 в моей компании, и я столкнулся с этой проблемой.  Я написал очень быстрый, очень простой обходной путь в AutoHotKey.  Это изменит размеры (но не переместит) ваши окна чата.  Напомним, что эта конкретная ошибка в Lync 2013 запоминает положение вашего окна, но не размер окна.
Размер окна по умолчанию - 430x430; это изменяет размер окна до более просторного 850x600.  Не стесняйтесь изменять размер скрипта в соответствии с вашими предпочтениями.  Изменяет размер только при первом появлении окна.  Если вы продолжите изменять размер окна, скрипт не изменит размер окна и не запомнит размер окна после его закрытия.  Размер окна будет установлен только при первом появлении окна.
Если вы не знаете, как использовать AutoHotKey, посмотрите их замечательное руководство.  
#Persistent
SetTimer, FixLyncWindow, 500
FixLyncWindow:
{
    IfWinExist, ahk_class LyncConversationWindowClass
    {
        ; First, get the HWND of the window. 
        ; Exit the loop if we have already resized it.
        WinGet, currID, ID
        IfNotExist, c:\temp\%currID%.txt
        {
            ; If we're here, we haven't acted on the window, 
            ; or no HWND file list exists,
            ; which also means we haven't acted on the window.
            ; So, it's finally time to act on the window.
            WinMove, ahk_id %currID%,,,, 850, 600
            ; Now, we add the HWND to the file so we know we've 
            ; already resized that window and we don't continue 
            ; resizing the window every half-second.
            IfNotExist, c:\temp
                FileCreateDir, c:\temp          
            FileAppend,, c:\temp\%currID%.txt
        }
    }
    ; Now, let's check the file directory to see if any of these 
    ; windows don't exist.  If they do not, we can delete the file.
    FileList = 
    test1 =
    Loop, c:\temp\*.*
    {
        SplitPath, A_LoopFileName,,,, myName
        FileList = %FileList%`,%myName%
    }
    Loop, parse, FileList, `,
    {
        If ( "%A_LoopField%" = "" )
            Return      
        IfWinNotExist, ahk_id %A_LoopField%
        {
            FileDelete, c:\temp\%A_LoopField%.txt
        }
    }
    return
}