Что я могу сделать, чтобы программа установки продолжила и правильно работала с моими настройками?
Переместите пользовательский раздел обратно в C:. Это единственный способ заставить его работать. MS предупредил вас не делать этого:
Использование ProfilesDirectory для указания на каталог, который не является системным томом, будет блокировать обновления SKU и обновления до будущих версий Windows. Например, если вы используете Windows Vista Home Premium с ProfilesDirectory, установленным в D:\, вы не сможете выполнить обновление до Windows Vista Ultimate или до следующей версии Windows. Стек обслуживания не обрабатывает межобъемные транзакции и блокирует обновления.
Это для Vista, но также относится к Windows 8(.1).