Очень легко это сделать с помощью гибридной утилиты JScript/batch REPL.BAT, которая выполняет поиск и замену регулярных выражений в stdin и записывает результат в stdout. Утилита представляет собой чистый скрипт, который работает на любой версии Windows начиная с XP; загрузка exe не требуется. REPL.BAT доступен здесь. Полная документация встроена в скрипт.
Предполагая, что REPL.BAT находится в вашем текущем каталоге или, что еще лучше, где-то в вашем PATH:
@echo off
set "file=yourFile.txt"
type "%file%" | repl "(\d{4})/(\d\d)/(\d\d)" "$1-$2-$3" >"%file%.new"
move /y "%file%.new" "%file%" >nul
Регулярное выражение может быть скорректировано по мере необходимости, чтобы сделать поиск и заменить столько, сколько необходимо.