FreeNAS (по крайней мере, тот, к которому у меня есть удаленный доступ), похоже, представляет собой коробку Debian с SAMBA, что означает, что он делает Windows Filesharing в Linux. В зависимости от того, как вы его создадите, я бы предположил, что идеальной файловой системой будет ext4, поскольку это (по крайней мере, в моем случае) исходная файловая система - но это может оказаться трудным для работы под Windows и Mac
FAT32 обеспечит максимальную гибкость для кроссплатформенной работы за счет потери информации о владельцах файлов - то есть, если вы не заботитесь о контроле доступа, не используете файлы> 4 гигов и не имеете очень странных символов в FAT32 - хорошее решение для гибкости и мобильности.