Я не знаю способа ограничить вашу операционную систему доступом ко всем компонентам, подключенным к вашему компьютеру. Конечно, вы можете выполнять двойную загрузку между разными операционными системами, даже если они одинаковы, скажем, 2x win7, но одна ОС по-прежнему будет иметь - по крайней мере базовый - доступ к другому диску. (если вы проводите измерения безопасности, вредоносная программа должна быть достаточно продвинутой, чтобы получить доступ к другому диску, хотя большинство вредоносных программ не сможет это сделать, но это все же не невозможно)
Если вы хотите отделить физический аппаратный уровень от логического уровня, который ваша операционная система предоставляет вашим приложениям (и вредоносным программам), вам придется поместить слой между операционной системой и оборудованием. Единственное решение, которое я вижу здесь, - запустить виртуальную машину.
Другим решением будет физическая смена жестких дисков, есть несколько доступных решений, которые поддерживают смену дисков через передние панели.
Но есть вредоносные программы, которые могут записывать себя в загрузочный сектор или даже на флэш-память BIOS, против тех злодеев, которые меняют диски или шифруют их (как рекомендует ekaj), не помогут. Зашифрованный диск дополнительно делает файлы на нем нечитаемыми, но вредоносный диск все равно может получить к нему доступ и получить повреждения. Я по-прежнему настоятельно рекомендую виртуальную машину, хотя есть вредоносное ПО, способное избежать такой защищенной среды.