Вы уже ответили на свой вопрос - поскольку они являются потерями (и их не следует добавлять в целом), их следует удалить из столбцов. Вы можете сделать это одним из двух способов: либо обнулить их (что не позволит вам оценить их с точки зрения целого), либо присвоить им отрицательное значение. Присвоив отрицательное значение, вы все равно можете сравнить относительную величину потерь по сравнению с целым.
Проблема в том, что ваша ось Y начинается с 3400. Это вызывает у вас две проблемы. Во-первых, потеря исчезает, когда вы конвертируете ее в отрицательное число. В действительности, это было там, за пределами диапазона вашей диаграммы.
Кроме того, существует серьезная проблема с обрезкой основания ваших колонн. Столбчатые диаграммы всегда должны начинаться с 0 (из-за способности судить о длине столбцов по отношению к другим). Обрезая столбцы, вы чрезмерно подчеркиваете относительное влияние меньших значений. Например, в столбце "2 месяца" значения "Extended" кажутся почти такими же большими, как "Active", хотя на самом деле их всего около 10%.
Вот пример столбцов полной высоты с потерями, оцененными как отрицательное значение. Они инвертированы (ниже оси Y), но вы все равно можете судить об их относительной величине по отношению к целым. В результате значения очень малы, но они должны быть - они составляют всего около 1-2% от общего.