Я устанавливаю ISO с:
mount -o loop -t iso9660 file.iso / каталог
что мне нужно изменить, чтобы преобразовать все имена каталогов и файлов в нижний регистр?
Вы, вероятно, хотите добавить check=relaxed и map=normal после -o
Проверьте iso9660 раздел креплений руководства.