В значительной степени вы должны быть в состоянии вставить ваш любимый DVD-диск или компакт-диск с ОС в дисковод, и вы должны либо изменить порядок загрузки в BIOS, чтобы машина загружалась с компакт-диска, либо у вас может быть опция "менеджер загрузки" на вашем компьютере. Начальный экран BIOS.
Почти на каждой машине, которую я видел в эти дни, есть менеджер загрузки.
После этого вы должны просто следовать обычному способу установки вашей ОС поверх установки DOS.
- = EDIT = -
Чтобы ответить на ваши изменения, для Windows Vista и Windows 7 вы вряд ли выберете формат диска, они будут использовать NTFS по умолчанию, а для Windows XP NTFS будет лучше, так как она будет поддерживать меры безопасности, с которыми работает ОС.
В Linux выбор несколько произвольный, так как существует целый набор файловых систем для использования, в наши дни стандартом является ext4, и его следует считать хорошим и стабильным, но существует множество слегка отличающихся систем, которые имеют незначительные различия в производительности (я считаю, что ReiserFS работает лучше со многими небольшими файлами). Как правило, любая установленная вами ОС будет иметь достаточно разумный выбор по умолчанию, который вы можете использовать.