Это значит, что Windows запускает вещи, указанные в ваших ключах RunOnce в реестре.
Один из них, вероятно, просто занял больше времени, чем ожидалось, поэтому вы должны увидеть фактическое окно RunOnce.exe.
РЕДАКТИРОВАТЬ: немного больше информации:
Отсюда (Bing-перевод на английский):
Возможно, наиболее важным моментом этого этапа является автоматическое выполнение программ, присутствующих в ключе реестра HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce. Эти программы реализуются, как следует из названия, только один раз: во время входа пользователя с правами администратора. За выполнение этого процесса отвечает программа: C:\Windows\system32\Runonce.exe. Вызывается команда «Runonce.exe /Explorer», которая, если пользователь является администратором компьютера, отвечает за выполнение содержимого ключа RunOnce (который обычно находится после установки программы).
Из того, что я могу сказать (информации об этом не так много), ключ "/Explorer" - это то, что запускает RunOnce.exe для каждой записи в ключах.