Да, если explorer.exe не является вашей оболочкой, упомянутый ключ (и другие) не выполняются.
Если вам нужна эта функция, в Windows Embedded 7 есть пакет "Командная строка с поддержкой пользовательских оболочек".
Shell Launcher позволяет вам заменить оболочку Explorer на собственную. Shell Launcher позволяет вам сконцентрироваться на собственном приложении оболочки, в то время как Shell Launcher решает такие проблемы, как выполнение разделов реестра Run и RunOnce и перезапуск пользовательской оболочки в случае сбоя
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/ff794318(v=winembedded.60).aspx
Напротив, мы не хотим выполнять ключ runonce с нашей пользовательской оболочкой. Это часть защиты системы от вирусных атак.
Поэтому мы не используем упомянутый пакет.