Во-первых, жесткие ссылки являются функцией файловой системы, MS Windows не поддерживает жесткие ссылки на устройствах FAT32. В настоящее время это обычно означает, что карты памяти USB.
Во-вторых, NTFS поддерживает три вида ссылок, и точные возможности и применимость могут отличаться от жестких ссылок Linux - например, можете ли вы жестко связывать каталоги.
BackupPC написан на Perl. Таким образом, должна быть возможность выяснить, от каких модулей это зависит и доступны ли они в Windows. Вы все еще можете сделать резервную копию от клиентов Windows. Предположительно, вы хотите сделать резервную копию на сервере Windows?
Требования для BackupPc заявляют, что NTFS не может использоваться, но не объясняют, почему. (Я не знаю, позволяют ли протоколы MS SMB манипулировать жесткими ссылками или драйверы Linux NTFS этого не делают)
BackupPC использует жесткие ссылки для объединения файлов, общих для разных резервных копий. Поэтому хранилище данных BackupPC (TOPDIR) должно указывать на одну файловую систему, которая поддерживает жесткие ссылки. [...]
Любая стандартная файловая система Linux или Unix поддерживает жесткие ссылки. Смонтированные NFS файловые системы тоже работают (при условии, что базовая файловая система поддерживает жесткие ссылки). Но файловые системы FAT и NTFS на базе Windows не будут работать.
Вы могли бы написать автору по электронной почте?