Если вы не заинтересованы в создании RAID, я бы посоветовал подключить один диск к SATA3 на базе Intel, а другой - к порту GSATA.
Так как основной (только?) Разница между SATA и GSATA состоит в том, что GSATA использует отдельный встроенный контроллер (Marvell; отдельно от чипсета Intel).
Вот почему я предлагаю использовать один из них, так как каждый диск будет иметь свой собственный контроллер, путь к данным и т.д.
С другой стороны, отключение одного из контроллеров (т. Е. GSATA) может высвободить достаточно ресурсов, чтобы использование обоих накопителей на одном контроллере могло быть «более быстрым» вариантом.
Лично я бы выключил Marvell и просто пошел с Intel для обоих дисков, на один драйвер меньше заботиться.