Моя док-станция находится в левой части экрана и по умолчанию X11 Window Manager (хочет начать с верхнего левого угла и всегда находится за док-станцией. Само приложение терминала X11 этого не делает, но некоторые программы, которые я использую, имеют серый фон по умолчанию (я думаю, что TWM), и они всегда начинаются в верхнем левом углу за док-станцией.