У вас есть настройка, которая не является средней (например, не простая двухканальная настройка выхода)? У меня на компьютере установлена система объемного звучания 5.1 (с поддержкой встроенной материнской платы), и иногда PulseAudio забывает, как с ней воспроизводить звук. Решение, которое обычно работает для меня, состоит в том, чтобы перейти на экран настроек звука (нажав на маленький "динамик" в правом верхнем углу экрана), перейти на вкладку "Оборудование", а затем изменить профиль звука с 5.1 на что-то другое. еще, а потом обратно.
Даже если у вас есть только двухканальная или 2,1-канальная установка, вы можете попробовать это - во время воспроизведения звука - посмотреть, исправит ли это что-нибудь.