Я иногда сталкивался с этой проблемой, когда владелец /var/log/mongodb/mongod.log менялся на nginx, поэтому mongod не сможет инициализироваться. Я проверил конфигурацию crontabs и nginx, и у меня нет ничего, что могло бы вызвать эту проблему.
Есть идеи, что здесь происходит? Это спорадическая проблема.