Этот оригинальный файл все еще остается открытым mongod несмотря на то, что вы его переместили, и он останется тем файлом, в который он записывает данные, пока вы не остановите процесс mongod или не попробуете выполнить следующее:
- Удалите новый файл 
mongod.log который вы создали в /var/log/mongodb 
- Переместите старый файл 
mongod.log обратно в /var/log/mongodb 
- Выполните команду 
logRotate из оболочки mongo (при подключении к соответствующему mongod) 
Примечание. В качестве альтернативы для шага 3 вы можете отправить kill -SIGUSR1 <pid of mongod> для достижения того же результата.
Как только это будет сделано, у вас будет новый файл mongod.log меньшего размера в папке вместе с урезанным предыдущим файлом (больше не записывается в). Точное имя зависит от версии, которую вы промываете, которую вы не упомянули, но теперь вы можете свободно перемещать большие файлы журналов в другой каталог (я бы порекомендовал сжать их, они легко сжимаются).
Если размер является постоянной проблемой, я бы порекомендовал сделать это как работу cron или аналогично, чтобы автоматизировать процесс в будущем.