Проблемы с установкой Daccord на macOS

Question

Я пытаюсь установить инструмент биоинформатики под названием Daccord на мой Mac.

К сожалению, моя компьютерная смекалка очень ограничена, и мое устранение неполадок в значительной степени проб и ошибок.

README говорит:

daccord нужен libmaus2 https://github.com/gt1/libmaus2. libmaus2 должен быть собран с поддержкой библиотеки GMP. Когда libmaus2 установлен в $ {LIBMAUSPREFIX}, тогда daccord можно скомпилировать и установить в $ {HOME}/daccord, используя

autoreconf -i -f
./configure --with-libmaus2=${LIBMAUSPREFIX} \
    --prefix=${HOME}/daccord
make install

Я установил libmaus2 (по крайней мере, я на это надеюсь), я также установил GMP, но я не знаю, была ли libmaus2 " собрана с поддержкой библиотеки GMP".

Я думаю, что я должен заменить ${LIBMAUSPREFIX} на правильный путь? Может быть, ${HOME} тоже.

Я попытался /usr/local/bin потому что libmaus-README сказал:

По умолчанию make install устанавливает команды пакета в /usr /local /bin, включает файлы в /usr /local /include и т.д.

Я также попробовал путь к файлу релиза libmaus .

Пока результат всегда:

configure: error: Package requirements (libmaus2 >= 2.0.352) were not met:
No package 'libmaus2' found
Consider adjusting the PKG_CONFIG_PATH environment variable if you
installed software in a non-standard prefix.

Alternatively, you may set the environment variables libmaus2_CFLAGS
and libmaus2_LIBS to avoid the need to call pkg-config.
See the pkg-config man page for more details.

Теперь я дополнительно попытался установить PKG_CONFIG_PATH, используя

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib

/usr/local/lib содержит libmaus2 и множество других файлов, начиная с libmaus2, поэтому я думаю, что это правильный путь. Но

./configure --with-libmaus2=/usr/local/lib --prefix=${HOME}/daccord

или же

./configure --with-libmaus2=${LIBMAUSPREFIX} --prefix=${HOME}/daccord

Все еще приводит к ошибке, упомянутой выше.

Было бы здорово, если бы кто-нибудь дал мне несколько советов о том, как действовать.

Answer 1

Мне кажется, что libmaus2 не был правильно установлен, поэтому вам, возможно, понадобится действительно установить его.

Я не пользователь libmaus2, но я заметил, что он говорит, что вам нужно предоставить базовый каталог libmaus2 при вызове configure для зависимого.

Это означает, что если вы настроили libmaus2 с помощью:

./configure --prefix=${HOME}/libmaus2

тогда вы можете использовать для сборки зависимого пакета:

./configure --with-libmaus2=${HOME}/libmaus2

Я также понятия не имею, собирается ли libmaus2 по умолчанию с поддержкой библиотеки GMP, но это может быть параметром конфигурации, который вы можете проверить.

РЕДАКТИРОВАТЬ: Daccord наконец работает после некоторой помощи от автора. Вот как:

Во-первых, gmp нужно было указать путь к libmaus2:

./configure --prefix=/usr/local
make
make install

Затем libmaus2 также должен был быть проинформирован об этом:

./configure --with-gmp=/usr/local --prefix=/usr/local
make
make install

Тогда daccord может быть установлен с:

./configure --with-libmaus2=/usr/local --prefix=${HOME}/daccord
make install

И все это должно быть сделано с помощью новейшей версии libmaus2 и daccord, которые размещаются не на github, а на gitlab.