Точки монтирования возможны, но имеют те же ограничения, что и буквы дисков. У вас будет D: это один диск, а D:\Stuff - как другой диск, но вы не сможете "чередовать" все в одном списке, и у вас не хватит места на одном диске, он не будет автоматически расширяться на другой.
Соединения немного более гибкие, так как они не должны указывать на корень диска; они могут указывать на подпапки - так что можно иметь несколько. У вас все еще будет два независимых диска, но, например, вы можете расположить D:\Video\Movies\Old и D:\Games\Foobar как указывающие на разные части диска E:.
Так что вместо этого вам нужна какая-то форма логического управления томами. Для этого в Windows есть две встроенные функции: "Динамические диски" (доступны через diskmgmt.msc начиная с Win2000) и "Дисковые пространства" (доступны начиная с Win8.1). Оба позволяют расширить том на несколько дисков, а также реализовать несколько типов RAID.
Примечание: RAID не обязательно должен быть аппаратным. Действительно, многие потребительские материнские платы имеют "поддельный RAID", который полностью реализован в драйвере Windows. Специализированные программные реализации RAID, такие как mdraid в Linux, могут работать даже более надежно, чем аппаратные контроллеры. Но в этом случае вам не нужен RAID (и вы не можете использовать его из-за дисков разных размеров), вам нужен только простой режим 'JBOD'.
В общем, я слышал больше хороших вещей о Storage Spaces К сожалению, он недоступен для Win7 и в любом случае требует наличия целого диска - вы не можете использовать D: как часть Space, сохраняя при этом C: без изменений, и Windows также не может загрузиться с Space.
Итак, вы остались с "Динамическими дисками". Инструмент diskmgmt.msc позволяет без деструктивного преобразования обычного MBR/GPT-диска в этот формат, после чего вы можете удалить E: и "развернуть" D: во вновь доступную пустую область.
(Однако, хотя я знаю, что эта функция существует, я не использовал ее на практике и слышал только плохие описания ее производительности, поэтому я не буду рекомендовать ее.)