Проблема с такими комбинированными сочетаниями клавиш состоит в том, что некоторые клавиатуры не поддерживают коды сканирования таких нажатий клавиш. Попробуйте по-другому:
#^k:: ; WindowsKey+Ctrl+k
Input key, I L1
IfEqual key,l ; Release WindowsKey+Ctrl+k and press l
MsgBox You pressed WindowsKey+Control+k+l
IfEqual key,i ; Release WindowsKey+Ctrl+k and press i
MsgBox You pressed WindowsKey+Control+k+i
Return
Я использовал WindowsKey+Ctrl
качестве префикса, потому что Ctrl+k уже занят во многих случаях. Выше две горячие клавиши, которые могут быть активированы как одновременное нажатие WinKey+Ctrl+k
затем отпустите его и нажмите l или i