Сценарий установки в контейнере Docker не выполняется из-за команды xz

Question

Я пытаюсь установить PredictProtein для Docker отсюда. Скрипт для установки базы данных, используемый PredictProtein, загружает данные в виде файла .txz .

После загрузки скрипт пытается распаковать файл. Это терпит неудачу, приводя к сообщению об ошибке

/usr/local/bin/setupdb: line 15: xz: command not found

Почему это не удается? И как я мог решить это?

Я использую Docker версии 17.12.1-ce; Я запускаю его внутри виртуальной машины Ubuntu 16.04.3, используя VirtualBox

Сценарий (скопированный внутри контейнера) выглядит следующим образом:

#!/bin/bash

if [ -d /usr/share/rostlab-data/ ]; then
        echo "Removing current database..."
        rm -rf /usr/share/rostlab-data/
fi

mkdir /usr/share/rostlab-data/
cd /usr/share/rostlab-data/

echo "Downloading database release..."
wget -O rostlab-data.txz "http://www.rostlab.org/services/ppmi/download_file?format=gzip&file_to_download=db"

echo "Extracting..."
xz -d rostlab-data.txz
tar xvf rostlab-data.tar
rm -f rostlab-data.tar

echo "Done."

Answer 1

Поскольку команда xz не найдена, инструмент, вероятно, не установлен. Если контейнер основан на Ubuntu (вероятно, это не так), он будет установлен, поэтому я предполагаю, что он основан на Alpine.

Попробуйте установить xz!

apk add xz

Или, если вы редактируете Dockerfile, просто добавьте оператор RUN в начале файла.