ВОЗМОЖНО (но не очень вероятно), что если вы используете очень старую программу (она не похожа на вас, но я решил, что в любом случае упомяну такую возможность), что ваша программа использует ресурсы. если вы открываете папку .app и ковыряетесь, если вы видите и .rsrc файлы, которые вы используете ресурсы.
Проблема с ресурсами заключается в том, что в прежние времена mac-файлы состояли из двух частей или "разветвлялись" на вилку данных, которая является нормальной, видимой частью и ветвью ресурса, которую вы обычно не могли видеть. Ни одна другая система (о которой я знаю) не имеет ветвления ресурса, поэтому, когда вы копируете файлы с помощью вилки ресурса на ПК, вы просто теряете эту часть файла, и все ломается.
Если вы просто копируете это на ПК в качестве промежуточной станции (и зачем вы будете это делать?) и вы планируете скопировать его обратно на Mac, тогда предложение Kio о заархивировании папки .app является хорошим, функция сжатия Mac сжимает rsrc и вилки данных, и все это должно быть видно на ПК.