~$ which python3.5 /usr/bin/python3.5
~$ pip3 --version pip 9.0.1 from /usr/local/lib/python3.5/dist-packages (python 3.5)
один - /usr/bin/python3
другой - /usr/bin/local/lib/python3.5
, почему?
Один из них - исполняемый файл Python (/usr/bin/python3 - это ссылка на /usr/bin/python3.5), другой - просто каталог, в который pip3 и менеджер пакетов Ubuntu устанавливают вещи, что заставляет вас думать, что это другой исполняемый файл ?