Если вы заинтересованы в шифровании разделов ОС, да, это нужно будет сделать отдельно. Если вы выделите отдельный раздел для данных, вы сможете использовать кроссплатформенную технологию шифрования, такую как Veracrypt, чтобы разрешить доступ к ней из любой системы.
Чтобы выполнить полное шифрование диска, необходимо выделить место отдельно от дисков (фактически на диске, в другом разделе) для выполнения предзагрузочной среды, чтобы получить ключевую фразу и расшифровать ресурсы для ОС. Это может быть привязано к TPM на материнской плате, чтобы обеспечить более безопасную среду - однако разные ОС требуют разных предзагрузочных сред.