Хотя это зависит от вашей материнской платы, скажем, если порт SATA 0 имеет другой режим работы, чем порт SATA 1 (или любые другие порты, к которым вы их подключили), разница будет, но, скорее всего, все они одного типа и скорости, и фактическое расположение диска на материнской плате не влияет на производительность.
Однако в вашем случае есть существенная разница: ваша материнская плата, MSI Z77MA-G45, действительно имеет разные скоростные порты, она имеет два порта SATA-III (6 Гбит / с) и четыре порта SATA-II (3Gbps). SATA1 и SATA2 - это порты 6 Гбит / с, а SATA3-6 - порты 3 Гбит / с. На странице 1-22 вашего руководства пользователя четко показаны различные порты и скорости.
Обычно рекомендуется установить загрузочное устройство на SATA1 (первый порт), а затем на диск, к которому вы хотите получить быстрый доступ, помимо загрузочного диска, подключенного к SATA2, поскольку это порты SATA-III (при условии, что у вас SATA-III). диски), после этого диски могут быть подключены к любому порту. Оптические приводы не нужно подключать к портам SATA-III, так как большинство в любом случае поддерживают только SATA-II.
Скорость запуска в этом случае вполне может быть связана с тем, к какому порту подключен жесткий диск, но для диагностики потребовалось бы больше информации (на самом деле вопрос не в этом).