Обе программы, которые вы упомянули, уже делают это. Однако, как только вы загрузите файл в другое место, вы не сможете запретить серверу снова удалять обложки альбомов, если он это решит.
Кроме того, теги ID3 являются привередливым зверем, и может случиться так, что сервер не распознает конкретный формат, который вы пытаетесь использовать:
Попробуйте разные форматы изображений - JPEG против PNG;
Используйте iTunes или foobar2000 для преобразования тегов ID3 между различными версиями (например, iTunes записывает ID3v2.4, но немало инструментов поддерживают только v2.3);
Используйте mp3Diags, чтобы убедиться, что теги ID3 не повреждены (хотя обратите внимание, что иногда это дает ложные срабатывания для v2.4).