Что произойдет, если у меня есть это в моем bashrc:
alias ls="ls -l"
alias ls="ls -a"
когда я ls они будут совпадать.  Последний хранится или оба?  
Вторая команда alias переопределит псевдоним для "ls". Вы можете проверить дважды, выполнив команду alias без аргументов, чтобы увидеть, какие псевдонимы определены.