Подстановка команд может быть выполнена с помощью обратных кавычек, которые вы используете, или $().
От ссылки на bash:
Когда используется форма замещения в старом стиле, обратная косая черта сохраняет свое буквальное значение, за исключением случаев, когда следуют '$', '`' или '\'.
Первая обратная кавычка, которой не предшествует обратная косая черта, завершает подстановку команды. При использовании формы $(команда) все символы в скобках составляют команду; никто не лечится специально.
Источник: https://www.gnu.org/software/bash/manual/html_node/Command-Substitution.html.
В вашем примере вы избегаете второй косой черты, которая нарушает вашу команду (в дополнение к несоответствию вашей строки).
Если вы хотите продолжить использовать обратные пометки, ваша команда должна быть:
W32BASE=`echo $WD | sed 's/\\\\bin\\\\//g;s/\\\\/\\//g'`
Когда вы используете $(), обратная косая черта обрабатывается так, как вы обычно ожидаете, и ваша команда будет выглядеть так:
W32BASE=$(echo $WD | sed 's/\\bin\\//g;s/\\/\//g')