Каждый раз, когда я выхожу и перезапускаю emacs, пакет flycheck отсутствует, и его необходимо переустановить вручную с помощью package-install .
Все остальные пакеты, которые я установил, работают нормально.
Эта проблема появилась после того, как я обновил свои пакеты сегодня, чего я не делал в течение нескольких недель.
Прямо сейчас я использую flycheck версии 0.25 (пакет: 20151017.122) и emacs 24.5.1 на OSX вместе с Spacemacs.