Есть несколько подходов.
Я рекомендую использовать приложение "Service Control", поскольку оно полностью интегрируется с панелью управления services.msc, поэтому его можно запускать от имени произвольного пользователя и автоматически запускать в системе. Это может вызвать проблемы со временем загрузки, поэтому, возможно, неплохо начинать с «Автоматически (с задержкой)», чтобы убедиться, что требуемые сервисы уже загружены.
sc \\localhost create <newservicename> binpath= c:\path\to\service.exe
Планировщик задач является еще одним хорошим вариантом, как предложено @DavidPostill. если вам не нужна система для распознавания exe как службы. Планировщик задач имеет много хороших опций конфигурации.
Некоторые люди рекомендуют менеджеров альтернативных услуг, таких как NSSM: http://nssm.cc/