Если я правильно интерпретирую то, что вы написали, я думаю, вы не совсем понимаете, что делает chroot. Если у меня есть каталог /mytemproot и я смонтирую на нем файловую систему, в которой есть каталоги: bin, etc, sbin, foo, то я мог бы:
% cd /mytemproot
% pwd
/mytemproot
% chroot /mytemproot
% pwd
/
% ls /
bin etc sbin foo
Что делает chroot, так это помещает вас в оболочку, где /mytemproot обрабатывается так, как если бы это было /. Реальный / невидим для вас, как и все другие файловые системы в реальном /. Он не объединяет файловые системы.
В прежние времена, когда простые системные администраторы использовали для создания каждого нового дистрибутива UNIX с нуля, мы создавали новый раздел на диске, помещали файловую систему в этот раздел и выполняли сборку и установку там. Затем мы куда-нибудь монтируем эту файловую систему, выполняем chroot и проверяем все, прежде чем выпустить ее пользователям. Я должен представить, что разработчики сегодня используют его почти так же.