Преимущество в этом заключается в том, что для адресации всего диска на сектор потребуется большее количество битов, что делает его медленнее, поскольку необходимо отслеживать большее количество вещей. Гораздо эффективнее обращаться (и индексировать!) местоположения, скажем, 48 бит, в отличие от 64 или более бит для каждого отдельного доступа к устройству.
Но да, размер кластера (windows) или размер блока (Linux) можно регулировать в зависимости от определенной файловой системы, и это наименьший размер, к которому обычно может обращаться ОС (для хранения файловых данных). "Определение файловой системы" означает отформатировать диск (или спецификации этого формата), поэтому подразумевается удаление диска. Таким образом, на диске с размером кластера 4 КБ 1-байтовый файл действительно займет весь 4 КБ кластера, как в вашем примере. Изменить размер кластера означает переформатировать диск.
Кстати, кластеры меньшего размера ДОЛЖНЫ хранить множество небольших файлов более эффективно. Однако, как следствие, диск будет работать медленнее. Кроме того, большие кластеры лучше подходят для дисков с меньшим количеством более крупных файлов, таких как фильмы и аудио.
Диски со смешанным содержимым, такие как операционная система, обычно имеют средний или маленький размер кластера / блока, так как большинство файлов имеют средний или маленький размер. Конечным результатом является довольно хорошее использование пространства при сохранении максимально возможной скорости.