Установщик Windows (что более важно - автоматическое создание менеджера загрузки / данных BCD) не имеет возможности идентифицировать другие установленные ОС (например, Ubuntu) и поэтому дает вам выбор при загрузке.
Однако, напротив, установщик Linux (опять же, что более важно, установщик GRUB2) имеет возможность идентифицировать, что другие ОС существуют на том же жестком диске; и он знает, как создать правильные загрузочные данные, чтобы вы могли выбрать, какую ОС загружать при загрузке компьютера.
Важно понимать, что когда вы устанавливаете GRUB (GRUB2 для современных выпусков Linux), он становится начальным загрузчиком для вашего компьютера. Менеджер загрузки Windows будет существовать, но GRUB знает, как передать его для загрузки Windows - это известная загрузка по цепочке.
Диспетчер загрузки Windows можно использовать для загрузки Linux, но он намного сложнее, так как вам нужно отредактировать данные BCD вручную, чтобы добавить запись.
Использование GRUB2 автоматизирует загрузку данных тяжелой работы для пользователя.
В результате легче (и рекомендуется) установить Linux после Windows -> установщик идентифицирует Windows и спросит, хотите ли вы, чтобы они работали бок о бок -> вы сами решаете, что хотите! (Установщик Windows не так хорош для других ОС! Он будет видеть разделы, но не ОС, поэтому не позволит вам выбирать - он станет по умолчанию).