Сжатие, предлагаемое 7zip (в формате 7z), является более безопасным, чем любой из "стандартных" методов или шифрование файла в формате zip (многие из которых датируются годами и практически не защищены). В любом случае убедитесь, что вы выбрали хороший пароль / ключ - при неверно выбранном пароле все методы шифрования подвержены атакам слов / предположений.
Если вы шифруете файлы для отправки кому-то другому, лучше использовать GPG (см. Https://help.ubuntu.com/community/GnuPrivacyGuardHowto для некоторых заметок, относящихся к Ubuntu, или Google для многих других подобных ресурсов), если это человек, которого вы отправляете способный + готов использовать GPG/PGP/ совместимый (или уже использует их). Стандартные инструменты GPG управляются из командной строки, поэтому их легко использовать в сценариях, если вы регулярно архивируете файлы и хотите их автоматизировать. Это основано на открытом ключе, поэтому устраняет проблему попытки получить ключ для получателя безопасным способом, поскольку вы шифруете их открытым ключом, и только у них есть закрытый ключ, необходимый для разблокирования полученного файла (даже вы, человек, который зашифровал файл, в первую очередь, не смог бы его расшифровать). Для паранойи ++, зашифруйте с помощью 7zip, как вы делаете архив, а затем с открытым ключом получателя через GPG.