Общий буфер обмена в удаленном рабочем столе синхронизирует оба буфера обмена - когда вы копируете что-то на одном компьютере, буфер обмена на другом конце получает то же самое. Там нет места между ними, только два одинаковых буфера обмена.
Однако при копировании файлов буфер обмена на самом деле не содержит сами файлы, он имеет только список путей к файлам со специальными типами данных, указывающими на это ("массив идентификатора оболочки" среди других). При вставке программа сама открывает и читает эти файлы.
Remote Desktop работает с этим путем преобразования списка в немного другой тип данных, который также не имеет путей, но содержит инструкции для запроса файла из MSTSC [на клиенте] или из RDPCLIP [на сервере]. Я не смог найти точные технические детали, но в блоге Remote Desktop Services есть несколько похожих постов.
Таким образом, исходный файл находится там, где вы его нашли, копия там, где вы его вставили, и он не находится нигде, кроме этого.