Я пытаюсь выполнить программу (Usearch или samtools), просто набрав название программы (например, usearch [options]) из любого места. Я использую Ubuntu.
Инструкции говорят: «добавьте двоичный файл в ваш путь, чтобы сделать его доступным в командной строке», но я не знаю, что это значит или как это сделать. Поиск в Интернете выявил вещи, которые были над моей головой.
Может ли кто-нибудь дать мне простой шаг за шагом, как это сделать?
msgstr "добавить двоичный файл в ваш путь, чтобы сделать его доступным в командной строке"
В unix PATH - это переменная среды, которая определяет, где оболочка ищет исполняемые программы для запуска при вводе их в командной строке. Если вы делаете:
echo $PATH
Вы можете увидеть, как выглядит ваш PATH . Все каталоги в PATH затем ищутся (по порядку), когда вы вводите команду (например, ls). Например, мой $ PATH:
.:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin
Когда я ls оболочка будет искать исполняемый файл в . (текущий каталог), а затем все остальные каталоги, пока он не найдет его, вероятно, в /bin/ls .
Вам нужно убедиться, что ваш скрипт исполняемый (chmod +x myscript), а затем он должен находиться в одном из каталогов в переменной PATH .
Установка локальных сценариев и программ в каталогах bin системы считается несколько плохой практикой. Обычно я помещаю что-то вроде следующего в конфигурационный файл запуска моей оболочки, который является .profile но может быть .bashrc или .zshrc зависимости от оболочки:
export PATH=$HOME/bin:$PATH
Это добавит к пути личный каталог bin в вашем домашнем каталоге, куда вы можете поместить свои собственные сценарии. После того, как вы измените файл конфигурации оболочки, вам нужно будет снова войти в систему, чтобы прочитать файл конфигурации.
Если вы хотите установить свой сценарий для всех пользователей вашей системы, то лучше всего использовать его для /usr/local/bin . Вы должны убедиться, что /usr/local/bin находится на вашем пути, используя вышеуказанный механизм.
Так что вам нужно:
chmod +x my-program)/usr/local/bin в свой .profile .PATH .Вам нужно будет добавить каталог bin в переменную PATH.
Если вы введете «echo $ PATH» в своем терминале, он отобразит строку путей. Теперь вам нужно знать, где находится установка программ, и убедиться, что ваш PATH содержит соответствующий каталог bin. Попробуйте выполнить «PATH = $ PATH:/Path-to-bin/» в своем терминале, и теперь вы сможете выполнить нужную программу, просто набрав, например, Usearch.
Это может раздражать добавление каталога bin в PATH для каждого окна терминала, к счастью .bashrc (расположенный в ~/) запускается со временем, когда вы открываете новый терминал. Таким образом, вы можете добавить строку «PATH = $ PATH://» в ваш .bashrc, используя вашу любимую программу редактирования (например, «vim ~/.bashrc»).
.Bashrc - это скрытый файл. Поэтому, набрав "ls", вы не получите список .bashrc, попробуйте «ls -la», чтобы увидеть, что .bashrc - ваш домашний каталог.
Надеюсь, это поможет, дайте мне знать, если у вас есть более конкретные вопросы.
Удачи!