Причина в том, что это медленно, не из-за поворота, а из-за того, что вы перекодируете видео.
Если вы не указываете выходной видеокодек, по умолчанию для mp4 используется предварительно установленный носитель H.264 (libx264), который в зависимости от разрешения и вашего оборудования может быть медленным.
Я вижу, вы пытаетесь обойти это, указав «-c copy», но вы не можете: вращение видео означает его изменение, поэтому нет способа просто скопировать поток H.264. Повторное кодирование не вариант в вашем случае.
Вы можете попробовать один из более быстрых пресетов:
ffmpeg -i in.mp4 -vf "transcode=1" -vcodec libx264 -preset veryfast -acodec copy out.mp4
Но качество / размер файла пострадает.
См. Https://stackoverflow.com/questions/25031557/rotate-mp4-videos-without-re-encoding, есть интересный ответ об изменении метаданных, чтобы игроки могли вращать видео.