Где я могу разместить команды для запуска скриптов?

Question

Я пытаюсь запустить несколько скриптов (будь то Python, Java и т.д.). Разработчики в своей документации дают код для меня. Вот некоторые примеры:

java -Xmx2g -jar muTect-XXXX-XX-XX.jar
--analysis_type MuTect
--reference_sequence <reference>
--cosmic <cosmic.vcf>
--dbsnp <dbsnp.vcf>
--intervals <intervals_to_process>
--input_file:normal <normal.bam>
--input_file:tumor <tumor.bam>
--out <call_stats.out>
--coverage_file <coverage.wig.txt> 

или же

$ sudo easy_install virtualenv

Вот что я сделал до сих пор:1) В Windows 7 я установил Cygwin; 2) Я установил Ubuntu для любых вычислений на базе Linux.

Моя проблема: я пытался поместить их в cygwin, изменив все ссылки на пути к моим файлам и тому подобное. Тем не менее, я не могу заставить что-либо работать. Я предполагаю, что я делаю что-то очень плохое. У кого-нибудь есть понимание или ОЧЕНЬ ОСНОВНОЕ руководство по началу работы? Я даже не уверен, какие поисковые термины использовать в Google, чтобы найти подобные вещи.

Спасибо за любую помощь.

Answer 1

Вам нужно установить Java Runtime Environment (JRE) для запуска JAR (которые являются скомпилированными программами, а не скриптами).

Затем JAR можно запустить из обычной командной строки cmd (Cygwin не требуется) или даже дважды щелкнув в проводнике Windows. Поскольку вы хотите передать ему аргументы, вы должны запустить его из командной строки.

Answer 2

Не все UNIX-подобные команды будут работать под Windows даже с установленным Cygwin, так что это может стать причиной вашей путаницы.

Вы не упомянули, установили ли вы Java Runtime (как указывает Карен) или Python. Делать все это под Windows/Cygwin действительно сложно. Я бы пока держался за вашу коробку с Ubuntu, пока вы не получите лучшее представление о вещах. Linux (например, Ubuntu) более дружественен к командной строке, чем Windows, пока вы не освоитесь.

Для приложений Java вам, вероятно, в любом случае не нужен Cygwin, поскольку Java достаточно хороша для кроссплатформенности. Поэтому попробуйте запустить эту команду из командной строки Windows. Просто помните, что вы написали его в несколько строк, если вы хотите поместить его непосредственно в командную строку, он должен быть в 1 строке с пробелами, заменяющими символы новой строки. Кроме того, команда ссылается на ряд файлов ресурсов и кодов, которые все должны находиться в папке, из которой вы вводите команду, если вы не добавите к ним префиксы папок.

Я настоятельно рекомендую вам начать с Ubuntu и Python. Python является отличным языком для изучения компьютеров и программирования, и есть сотни действительно хороших учебных пособий только в Google. Используя их, вы быстро перейдете от запуска базового интерактивного кода Python к загрузке кода из файла, изучая папки по мере продвижения. Когда вы это отсортируете, остальные начнут становиться на свои места.

Переход к виртуальным средам Java и Python немного сложнее.