Чтобы ответить на вашу первую пулю:
У меня нет опыта работы с этим конкретным контроллером, поэтому вам может понадобиться проверить документацию, чтобы подтвердить что-либо. Если в Windows есть подходящий драйвер для контроллера, а не просто для того, чтобы рассматривать его как обычный контроллер SATA, то вам следует, если BIOS поддерживает его, сделать массив RAID1 с использованием существующих данных в качестве шаблона. Если у вас нет нужной конфигурации в Windows, у вас могут возникнуть проблемы, так как включение функций RAID может изменить вид контроллера в Windows. Я настоятельно рекомендую сделать полную резервную копию перед попыткой этого, в случае, если контроллер RAID создает новый массив и очищает его, а не принимает первый диск в качестве исходного шаблона.
В программном RAID-массиве Linux это обычно делается путем создания массива RAID1 в ухудшенном состоянии только с существующим диском, добавления нового диска в состоянии ошибки (несинхронизированного), а затем принудительной повторной синхронизации, чтобы привести новый диск туда, где он должен быть. Ваш RAID-контроллер может предложить более интуитивный метод, чем этот, но может вообще не поддерживать процесс. IIRC можно преобразовать существующий отдельный диск в RAID1 с программным RAID-массивом Windows, даже если это системный том, но я оставлю это специалисту по Windows, чтобы разобраться, поскольку я не слишком знаком с этим аспектом.
Чтобы ответить на ваш второй пункт:
Если вы используете RAID-контроллер материнской платы, вы можете в значительной степени гарантировать, что перемещение дисков на другую материнскую плату приведет к невозможности использования RAID-массива, если только на новой материнской плате не будет того же чипсета.
Чтобы обойти это, либо используйте хорошее аппаратное решение RAID (чтобы вы могли переместить карту RAID вместе с дисками, либо у вас больше шансов купить другой, совместимый, один позже), либо используйте программный RAID (я не знаю о Windows, но Программный RAID Linux довольно хорошо переносится между компьютерами). Если вам нужна совместимость между несколькими ОС (например, Windows и Linux могут обращаться к файловой системе в одном и том же массиве RAID), то из этих двух вариантов будет хороший аппаратный RAID.