Изменения, внесенные в пакетный файл после оператора паузы, хороши и вступят в силу, когда вы нажмете любую кнопку продолжить, чтобы продолжить.
Но я бы настоятельно рекомендовал вам ничего не менять перед оператором pause.
Windows запоминает, в каком положении она находится, поэтому изменения, внесенные в пакетный файл перед оператором pause, могут странным образом повлиять на ваш пакетный файл и могут вызвать серьезные проблемы.
Например, если у вас есть тривиальный пакетный файл, который делает что-то вроде
@Rem
@Echo "Hello"
pause
@Echo Dir c:\windows
Когда пауза выполнена, Windows считает, что она находится на 27-м байте файла.
Если вы удалите первую строку, то, поскольку вы удалили пять символов, все будет смещено, но при нажатии любой клавиши окна продолжатся с 27-го символа.
Поэтому вместо выдачи команды
@Echo Dir c:\windows
это выдает
Dir c:\windows
Теперь представьте, что произойдет, если ваша оригинальная партия сказала
@Echo Del c:\windows