Я не думаю, что HandbrakeCLI позволяет копировать видеопоток. В документации упоминается только опция для копирования аудио. Таким образом, ваша команда будет одновременно перекодировать видео и аудио, что объясняет, почему это занимает так много времени.
Конечно, вы можете использовать другой инструмент. С ffmpeg очень просто изменить аудио на MP3 или AAC, сохранив при этом видеопоток:
ffmpeg -i input.avi -c:a libmp3lame -qscale:a 2 -c:v copy output.avi
ffmpeg -i input.mp4 -c:a aac -strict experimental -b:a 192k -c:v copy output.mp4
Но это предполагает, что ваш оригинал еще не имеет аудио MP3 или AAC, что я думаю очень маловероятно. (Что еще было бы, кроме необработанного звука PCM?) В любом случае, эти команды приведут в действие MP3 или AAC.
Для настройки качества или выбора других кодеров прочитайте руководство по MP3 и руководство по AAC.