Я подозреваю, что это сбой жесткого диска, из-за которого накопителю требуется больше времени, чтобы "загрузиться" и сделать себя доступным для BIOS. Загрузившись с живого компакт-диска Linux, вы даете жесткому диску достаточно времени для его "загрузки". Это, наряду с определением размера 0 МБ, может указывать на высокий "счетчик повторных попыток вращения" на диске, например, двигатель или подшипники на диске вот-вот выйдут из строя.
Я бы предложил вам скачать этот инструмент:http://sourceforge.jp/projects/crystaldiskinfo/downloads/58588/CrystalDiskInfo5_6_2.zip/
Из загрузочного раздела Windows распакуйте его и запустите DiskInfo.exe. Если что-то ЖЕЛТОЕ или КРАСНОЕ, это означает, что вы должны заменить этот диск КАК МОЖНО СКОРЕЕ, тогда он буквально сломался и говорил о четных часах (а не днях), прежде чем он полностью сломался, что привело к потере данных. Затем я бы предложил заменить его на SSD, поскольку SSD более надежны, чем физические HDD.
Тем не менее, МОЖЕТ также быть ваша материнская плата, например, ошибки BIOS и тому подобное. Поэтому, если CrystalDiskInfo говорит "Хорошо" на вашем жестком диске, попробуйте загрузить обновление BIOS с веб-сайта вашего производителя mobo или компьютера и выполнить обновление.