Поместите в свой файл .emacs.
(setq make-backup-files nil) ; stop creating ~ files
Что делает переменная ...
  make-backup-files - это переменная, определенная в `files.el '.
  
  Не ноль означает создание резервной копии файла при первом его сохранении. Это можно сделать, переименовав файл или скопировав.
  
  Переименование означает, что Emacs переименовывает существующий файл в файл резервной копии, а затем записывает буфер в новый файл.  Любые другие имена, которые имел старый файл, теперь будут ссылаться на файл резервной копии.  Новый файл принадлежит вам, и его группа по умолчанию.
  
  Копирование означает, что Emacs копирует существующий файл в файл резервной копии, а затем записывает буфер поверх существующего файла.  Любые другие имена, которые имел старый файл, теперь будут ссылаться на новый (отредактированный) файл. Владелец и группа файла не изменены.
Я предпочитаю делать резервные копии файлов в 1 директории ~/.Trash/ .
(setq backup-directory-alist            '((".*" . "~/.Trash")))