Файловые системы на базе MS FAT имеют ограничение на количество файлов, которые могут быть сохранены в корневом каталоге (несколько сотен IIRC), и из-за того, что длинные имена файлов хранятся в именах файлов / каталогов длиннее, чем традиционные "8+3" будет потреблять больше, чем один из записей в пределе.
Для подкаталогов FAT32 допускает ~ 65 000 записей в подкаталог (опять же, длинные имена файлов занимают более одного слота), я не уверен насчет более старого FAT16. Другие файловые системы имеют аналогичные ограничения (ext2/3 имеет ограничение на вход в 32 000 без определенных настроек), некоторые не имеют или фактически не делают (NTFS допускает ~ 4 000 000 000). Вы столкнетесь с проблемами производительности в некоторых файловых системах задолго до того, как достигнете предела записей для каждого каталога, как это делают линейные поисковые каталоги (FAT * do, ext2, ext3, если только вы не указали индексируемые каталоги, ext4 и NTFS не проиндексировали каталоги по умолчанию IIRC) ,