Поскольку большинство пользователей подключаются к стандартному порту FTP без использования SSL, и даже если они это делают, он в основном самозаверяющий и очень легко перехватывает этот тип трафика, что означает, что ваш корневой пароль может быть легко найден, если нет используется шифрование, так как оно отправляется в виде открытого текста.
Если вам действительно нужно использовать root для передачи файлов, тогда используйте SFTP, который работает по SSH и более безопасен, чем FTP, и используйте ключи SSH для входа в систему вместо аутентификации по паролю.
Если вы разрешаете root входить в SSH на ваш сервер, вы можете использовать любой SFTP-клиент и подключаться к SSH-порту с помощью root-входа.
Некоторыми SFTP-клиентами являются WinSCP и Tunnelier, которые предоставляют вам простой файловый менеджер для перетаскивания файлов для передачи файлов через SFTP.